A bactéria e. coli pertencente à família Enterobacteriacea, corresponde a um bacilo Gram-negativo, que compõe predominantemente a flora anaeróbia facultativa normal do intestino humano. Quando transmitida através de alimentos causa doenças graves, entretanto, esta bactéria pode ser a chave  para um novo tipo a conversão de açucares em biodiesel sem a necessidade de purificação ou destilação. A maioria dos microorganismos, incluindo a E. coli fazem e processam ácidos graxos.Ainda, a E. coli pode converter açúcares de plantas em derivados de ácidos graxos, que embora semelhantes em termos químicos, assim como sabão, podem ser precursores excelente para combustível viável. Entretanto, o produção deste ingrediente por estes microorganismo deixava muito a desejar no quisito de produção de combustível. Em 2010, pesquisadores da Universidade da Califórnia publicaram um artigo  na revista Nature relatando que  a modificação genética da bactéria E. coli possibilitou desenvolver a capacidade de produzir éster graxos, os quais são os componentes primários do biodiesel.

As mudanças realizadas incluiram a remoção de enzimas envolvidas em algumas etapas competidoras para o aumento da produção de ácidos graxos. Etapas adicionais foram adicionadas para converter os ácidos graxos em éster graxos, o que é um passo importante e muito melhor para o material biocombustível. Além disso, enzimas que quebram a celulose foram adicionadas, o que permite que a E. coli trabalhe diretamente com a biomassa.

A bactéria E. coli alterada pode receber vários insumos, incluindo materiais parcialmente processados como glicose e etanol, e producir esteres metílicos de ácidos graxos. A bactéria também pode produzir álcoois graxos, graxas, e açucares simples que pode ser reservados e usados para outros propósitos. Os autores do artigo defendem que o precesso tem vantagem sobre o etanol obtido a partir do milho e outras plantas derivadas  do petróleo do biodiesel. A produção do biodiesel não exige o uso de qualquer coisa que poderia ser uma fonte de alimento, o que significa que não há problemas com os preços mais altos ou problemas relacionados com práticas de cultivo de terras.

Em 2011, pesquisadores do departamento de engenharia química da Universidade de Stanford conseguiram isolar todas as enzimas e outros componentes moleculares envolvidos no processo que produz ácidos graxos na E. coli e reuniram em um tubo de teste para estudo. A equipe foi capaz de estudar como as enzimas envolvidas na biossíntese de ácidos graxos produzidos quando encontravam-se livres de outras influências da célula. Isto foi fundamental para análise, porque os produtos em questão, ácidos graxos, são, essencialmente, sabão,  e muito deles prejudicaria a bacteria. É por isso que a E. coli tem desenvolvido algumas maneiras muito elaboradas e eficazes para conter a quantidade de biossíntese de ácidos graxos no interior da célula. Desta forma, uma dos grandes fatores no controle da produção do biodiesel é a quantidade de ácidos graxos biosintetizados dentro da célula.